1  Organizando Ambiente para Análise

Primeiro, é necessário criar e ativar um ambiente Conda que contenha todas as ferramentas necessárias para os próximos passos. Caso ainda não tenha o Conda instalado, siga as instruções neste link.

Vá até este link para adquirir o arquivo environment.yml.

conda env create -f environment.yml
conda activate metagenomicsTraining

A estrutura de diretórios a seguir ajudará na organização dos arquivos baixados, arquivos intermediários e seus outputs:

mkdir -p ./Pipeline/{result,data/{merged,assembled,collapsed,removal/{index,reference},raw,trimmed},alignment/{db,index},taxonomic/db,functional/db}