3 Montagem
3.1 Contexto
As reads, ou leituras, fragmentos de sequências gerados pelo processo de sequenciamento, podem ser re-organizadas e mescladas em sequências mais longas e contíguas, ou contigs. Esse processo é denominado de Montagem.
Para se realizar montagem, você pode utilizar uma referência, como o genoma referência de um organismo, que servirá como base para organizar as contigs. No entanto, no contexto metagenômico, a modalidade de montagem geralmente realizada é a montagem livre de referência, ou montagem de novo.
Como montador de novo, utilizaremos o MEGAHIT.
3.2 Realizando a montagem
Vamos montar as leituras pós-descontaminação usando o MEGAHIT:
megahit -1 ../removal/unaligned_1.fastq -2
../removal/unaligned_2.fastq -o SRR579292 -t 8O arquivo de saída SRR579292.contigs.fa contém as sequências contíguas correspondentes às leituras usadas.
Os passos seguintes, como a classificação taxonômica, podem se utilizar tanto das leituras quanto dos contigs. Iremos utilizar as leituras por motivos de didática, mas a maioria das ferramentas utilizadas para a análise de metagenômica podem fazer uso tanto de reads quanto de contigs.