2 Hello Nextflow
2.1 O que é Nextflow
Nextflow é uma linguagem de fluxo de trabalho (workflow language) criada em 2013 pelo Paolo Di Tommaso no Centre for Genomic Regulation (Barcelona), pensada para orquestrar pipelines científicos que envolvem muitas ferramentas e muitos dados.
Hoje é mantido pela Seqera Labs (a empresa fundada por Paolo) junto com uma comunidade global de contribuidores. A Seqera desenvolve o Nextflow como open source e oferece produtos comerciais em cima dele (Seqera Platform, Wave, Fusion), mas o Nextflow em si é livre.
2.2 O ecossistema nf-core
nf-core é uma comunidade independente que constrói pipelines Nextflow curados, revisados por pares e testados — hoje já são mais de 100 pipelines cobrindo genômica, transcriptômica, proteômica, metagenômica etc. Todos seguem o mesmo template, o que significa que aprender a rodar/customizar um pipeline nf-core te ensina a rodar todos.
2.3 Por que Nextflow
- Reprodutibilidade: cada processo roda em um contêiner (Docker/Singularity/Conda). Você não precisa instalar dependências manualmente.
- Portabilidade: o mesmo pipeline roda no seu laptop, num HPC (Slurm/PBS/SGE) ou na nuvem (AWS/Google/Azure), mudando só um perfil de configuração.
-resume: se um passo falha ou você muda um parâmetro, o Nextflow reaproveita tudo que já rodou. Fundamental para pipelines longos.- Paralelismo automático: você declara o fluxo de dados, o Nextflow paraleliza sozinho.
- Comunidade: com nf-core você raramente precisa escrever um pipeline do zero.
2.4 Defina o diretório de trabalho
No primeiro momento este curso, trabalharemos no diretório hello-nextflow/.
Mude de diretório executando este comando no terminal:
cd hello-nextflow/Você pode configurar o VSCode para focar neste diretório, de modo que apenas os arquivos relevantes apareçam na barra lateral do explorador de arquivos:
code .Explore os materiais fornecidos:
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