Treinamento em Nextflow

1 Treinamento Nextflow

1.1 Visão geral do curso

Este curso é divido em duas partes, no primeiro momento veremos como o nextflow é estruturado e no segundo momento aprenderemos a executar e personalizar pipelines já existentes. Cada sessão possui objetivos estruturados para introduzir informações gradualmente.

2 Ambiente de trabalho

2.1 Ambiente Local

Caso todas as dependencias necessárias para execução desse minicurso estejam instaladas em sua máquina local, clone o repositório deste minicurso:

git clone git@github.com:dalmolingroup/nextflow_training.git

cd nextflow_training

2.2 Ambiente Remoto

Caso não as dependencias necessárias para este minicurso não estejam instaladas na sua máquina local, você poderá utilizar o ambiente pré-construído fornecido pela Seqera no GitHub Codespace. Este ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para trabalhar no curso de treinamento, então você não precisa instalar nada por conta própria.

3 Objetivos

Ao final do minicurso, você deverá ser capaz de:

  • Entender a estrutura básica de um pipeline Nextflow (processos, canais, workflow, módulos)
  • Executar pipelines nf-core prontos usando perfis de teste
  • Configurar a execução via params, -params-file e arquivos de configuração
  • Personalizar recursos e argumentos de ferramentas usando ext.args
  • Instalar e usar módulos do repositório nf-core
  • Diagnosticar erros comuns a partir das mensagens de validação de schema/samplesheet

3.1 O que este curso não cobre

  • Programação em Nextflow do zero (não vamos escrever pipelines novos)
  • Operadores avançados de canais (flatten, groupTuple, join, etc.)
  • Desenvolvimento de módulos nf-core seguindo o template completo
  • Criação de subworkflows

4 Pré-requisitos:

  • Confortável com o terminal Linux (cd, ls, editar arquivos)
  • Docker instalado e funcional (ou usar o ambiente remoto via GitHub Codespaces)
  • Nextflow instalado (ou usar o ambiente remoto)
  • nf-core tools (para a parte de módulos)

5 Agenda (5h)

Bloco Duração Conteúdo
1. Hello Nextflow — parte 1 45 min História, estrutura de pipeline, primeiro hello-world.nf, .command.*, -resume, nextflow log
2. Hello Nextflow — parte 2 45 min Canais, workflow multi-etapa, módulos, contêineres
Intervalo 15 min
3. Configuração Nextflow 45 min nextflow.config, diretivas de processo, profiles, -params-file, precedência
4. Hello nf-core — parte 1 60 min O que é nf-core, nextflow pull, perfil test, --help, -params-file, -c, ext.args
Intervalo 15 min
5. Validação de entrada 30 min Schema de parâmetros, schema de samplesheet, debug de erros
6. Usando módulos nf-core 30 min Catálogo, nf-core modules install, ext.args para customização
7. Q&A + prática livre 15 min