5  Hello nf-core

5.1 O que é nf-core

nf-core é uma comunidade global que desenvolve e mantém pipelines Nextflow curados, revisados por pares e prontos para produção. Todos seguem o mesmo template, então uma vez que você aprende a estrutura, sabe navegar em qualquer pipeline da coleção.

O que a comunidade entrega:

• Pipelines (nf-co.re/pipelines) — mais de 100, cobrindo genômica, transcriptômica, proteômica, metagenômica, etc.
• Módulos reutilizáveis (nf-co.re/modules) — processos wrapping ferramentas comuns (FASTQC, samtools, GATK…) que qualquer pipeline pode instalar.
• Configurações institucionais (nf-co.re/configs) — perfis prontos para HPCs de dezenas de universidades.
• Ferramenta CLI nf-core — para criar, testar e instalar pipelines/módulos.

O ganho prático para quem faz bioinformática: você não escreve pipelines do zero, você usa e customiza o que a comunidade já validou.

5.2 Configurar o diretório de trabalho

Mude de diretório agora executando este comando no terminal:

cd hello_nfcore

Nesta primeira parte do curso de treinamento Hello nf-core, mostramos como encontrar e experimentar um pipeline do nf-core, configurar e personalizar sua execução para suas necessidades, e entender como a validação de entrada protege contra erros comuns.

Vamos usar um pipeline chamado nf-core/demo que é mantido pelo projeto nf-core como parte de seu inventário de pipelines para fins de demonstração e treinamento.

Certifique-se de que seu diretório de trabalho esteja definido como hello-nf-core/